Absolvent al Institutului Politehnic Iași, Facultatea de Electrotehnică (1988) și a Academiei de Arte „George Enescu” Iași, Secția Pictură (1996), Matei Bejenaru predă discipline de fotografie și artă video la specializarea Fotografie, video, procesarea computerizată a imaginii a Facultății de Arte Vizuale și Design din UNAGE Iași. În anul 2006 a obținut titlul de doctor în științe umaniste, estetică, cu teza Estetica reprezentării corpului uman în artele media. Din 2016 este conducător de doctorat în cadrul Școlii Doctorale Arte Vizuale, iar, din februarie 2021, este Directorul Consiliului Studiilor Universitare de Doctorat din UNAGE Iași. În anul universitar 2011-2012 a fost profesor invitat la Université du Québec a Montréal (Canada).
Ca profesor și artist vizual este interesat de cercetarea mediilor artistice vizuale ce includ tehnologia prin studiul materialității mediului fotografic și a politicilor de reprezentare in formatul documentar.
Matei Bejenaru a fost inițiatorul și directorul artistic al Bienalei Internaționale de Artă Contemporană Periferic (1997-2008) iar, în prezent, este directorul Centrului de Fotografie Contemporană Iași. Proiectul său artistic Împreună/Together a fost prezentat la Tate Modern Londra în anul 2007. Între 2012 și 2013 a fost artist invitat de Centrul de Artă Kettle’s Yard al Universității Cambridge (Marea Britanie). Începând cu anul 2011, realizează proiectul de fotografie documentară Prut, care presupune crearea unei arhive vizuale reprezentând lumea rurală din bazinul râului Prut. În anul 2018 proiectul a fost prezentat sub forma unei expoziții itinerante de fotografie la Galeria Victoria Iași, Muzeul Țăranului Român București și Galeria Art et essai a Universitatii Rennes 2 (Franța). În același an editura P+4 Publications din București a realizat volumul Prut dedicat proiectului.